在繁华东京的数码浪潮中，年轻的数据分析师浅野浩介受命调查一系列离奇的城市数据异常。这些异常如同幽灵代码，总在深夜的特定区域闪现，又迅速消逝于无形。一次偶然，浩介在庞大的数据流中发现了一个以“日本一区”命名的隐秘节点，它链接着海量无法被常规追踪的影像碎片。职业本能与强烈好奇驱使着他，不顾同事警告，决定独自潜入这片数据深水区。

浩介利用自编的爬虫程序，逐步解开节点的加密层。他发现自己能访问到一个庞大且不断更新的实时视频库，内容皆是城市各个角落看似普通的生活片段。起初他以为这仅是某种大型监控实验，但很快，视频中开始出现难以解释的规律性“空白”与细微的时空错位——同一地点，不同视频中的时间流速竟有微小差异。更令他脊背发凉的是，某些视频片段里，竟反复出现一个模糊却熟悉的身影，那个身影与他记忆深处一段被封存的童年往事惊人地相似。

随着调查深入，浩介的生活开始出现同步异象：公寓的智能设备会在他观看特定视频时自动宕机，街头广告牌的画面与他刚浏览过的视频内容产生诡异联动。他意识到自己已不再是单纯的观察者，而是成为了这庞大数据迷宫中一个被标记的“变量”。与此同时，一个自称“数据清洁者”的神秘组织悄然现身，他们发出警告，称“日本一区”是一个不应被触达的禁忌领域，其背后关联着能重塑现实认知的危险实验。

在现实与虚拟的边界日益模糊的危机中，浩介必须在挚友凉子与一名身份成谜的黑客帮助下，争分夺秒。他必须赶在“清洁者”将他彻底从数据世界抹除之前，揭开“日本一区”的真正本质：这究竟是一个承载着城市集体记忆的赛博档案馆，还是一个正在缓慢吞噬现实、精心编织的沉浸式心理悬疑陷阱？而他与视频中那个身影的关联，将成为解开所有谜团，也是决定他自身存在意义的关键密钥。