在东京新宿的霓虹丛林深处，天才程序员藤原浩开发出一套能够解码意识深层数据的系统“深潜者”。某日，系统意外截获三段来源不明的加密数据流，分别标记为“乱码一区、二区、三区”。这些数据如病毒般在虚拟与现实的交界处撕裂出诡异的“数字裂隙”，凡是接触者皆会陷入重叠交错的记忆迷宫中，东京街头开始浮现出无法用常理解释的时空错位现象。

藤原浩与因事件被卷入的神经科学家长泽雅美组成调查小组，他们发现三段乱码对应着城市三个不同区域，且每一区都封印着一段被集体遗忘的历史创伤。当他们冒险潜入“一区”的数据深渊时，竟窥见与官方记载完全相悖的战后秘辛，而追踪他们的神秘组织“熵”也逐渐浮出水面。随着“二区”的探索解开，长泽本人与数据核心的隐秘联结令她开始质疑自身记忆的真实性。

影片以赛博朋克视觉风格融合心理惊悚元素，在穿梭于涩谷全息广告牌与破败数据废墟的过程中，两人逐渐意识到“三区”的真相将直接动摇现实世界的根基。当“熵”组织的首领露出真容，所有线索指向一个令人颤栗的抉择：是修复裂隙维持表面的和平，还是揭开所有乱码承载的残酷真相？数据洪流的最终密钥，竟隐藏在最初被忽略的原始代码的寂静空白里。