在科技与人性交织的近未来都市，“玻多野结义教家3”将观众带入一个意识可被数字化存取的世界。故事围绕着一家名为“结义教”的神秘科技教派展开，其宣称能通过名为“灵犀”的神经接口，为信徒封装完美人生记忆，消除痛苦。

主人公林深是一名因丧妻之痛而颓废的前神经科学家。在追查妻子离奇死亡真相时，他发现所有线索都指向“结义教”及其背后的玻多野集团。为潜入核心，林深自愿成为“灵犀”的测试者，却发现自己封存的痛苦记忆正是教派领袖“教主”所渴求的能量源。每一次记忆提取，都使他更接近崩溃，也离真相更近一步。

记忆深渊

教派总部“琉璃塔”内，林深在亦真亦幻的记忆回廊中挣扎。他发现妻子的意识碎片竟被囚禁在系统深处，而教主的终极目标并非拯救，而是收集人类情感熵值，铸造一个掌控集体潜意识的“神格”。昔日同伴接连背叛，唯一可信的竟是系统内一个产生自我意识的辅助程序“萤”。在真实与虚拟的边界彻底模糊之际，林深必须做出选择：摧毁系统解放万千被缚意识，也将永久删除妻子的数字残影；或是妥协，成为新神格的一部分。

本片是一部充满哲学思辨的科幻悬疑片，以“意识囚笼”、“情感炼金术”和“记忆篡改”为核心关键词，探讨真实与虚幻的边界。影片通过冷峻的视觉风格和层层反转的叙事，营造出令人窒息的沉浸感。当林深最终站在决定两个世界命运的数据洪流前，他的抉择将揭示人类情感究竟是弱点，还是无法被代码量化的最后堡垒。