《男生女生一起对坤坤》是一部融合青春成长与悬疑冒险元素的校园剧情片。影片以滨海中学转学生陈默的视角展开，当他试图融入新集体时，却与特立独行的女生苏晓意外卷入关于神秘校友“坤坤”的校园传说调查中。

原本被视为恶作剧的旧档案，随着两人在图书馆地下室发现泛黄的实验笔记而陡然转向。笔记中晦涩的化学方程式与残缺的地图，将他们引向废弃多年的旧校区。深夜探险时，手电光束下忽明忽暗的涂鸦墙竟藏着可触动的机关，而机关背后的密室里，尘封的录音带传出与当下校园广播完全相同的频率信号。

影片在青春片的明亮底色中逐渐浸入悬疑色彩，当陈默与苏晓发现“坤坤”并非人名而是某个项目代号时，他们开始意识到自己正触及一桩被时光掩埋的集体记忆。教导主任突如其来的关心、档案室管理员闪烁的眼神、总在关键时刻失灵的手机信号，让两人的调查从探险变成必须严守的秘密。主题聚焦于少年们面对真相时的勇气抉择与信任羁绊。

随着毕业季临近，旧校区拆迁公告贴出的那天，所有线索指向校庆日当晚的礼堂。当陈默与苏晓带着拼凑出的真相赶到时，却发现那里灯火通明坐满了往届校友。影片在现实与传说交织的漩涡中推向高潮，最终揭示“对坤坤”这三个字背后，是一代人未曾言说的守护与告别。