在潮湿闷热的南方工业小城，印刷厂下岗工人周国栋偶然在旧宅阁楼发现一本父亲遗留的泛黄笔记。笔记里密布着难以破译的符号与本地河道的手绘地图，夹页中更有一张六十年代化工厂“一级保密项目”的模糊批文。追查中，他遭遇档案室蹊跷失火、知情人接连沉默，而父亲“意外溺亡”的河道下游，近年竟出现多起青少年莫名昏厥事件。

周国栋循着线索潜入废弃的“红星化工厂”，在布满铁锈的反应罐底部，找到了残留的黄色结晶物。当夜，他的双手开始出现诡异蜕皮，梦境里不断翻滚着刺眼的明黄色浊流。与此同时，负责河道治理的女工程师林静主动接触周国栋，她的父亲正是当年项目负责人之一。两人在相互试探中结成危险同盟，却不知各自行动早已被一双来自体制阴影深处的眼睛监视。影片以冷峻的现实主义笔触，层层剥开被尘封的工业伤痕。

调查逐渐指向当今仍显赫的地方家族企业。关键证据浮现前夕，林静突然被调离项目组，周国栋家中遭窃，唯一保留的结晶样本不翼而飞。暴雨夜，他握着父亲最后一张字条“水里有毒，但人心更脏”，独自划船驶向河道最隐蔽的排污暗口。远处，化工厂新建的“环保示范工程”正在举行剪彩仪式，彩旗在灰色天空下猎猎作响。这是一部充满悬疑色彩的社会现实题材电影，探讨遗忘与记忆的角力。